采用合成的标样对微细碳氟磷灰石中痕量碘进行了离子探针(SIMS)定量分析,给出了碘浓度与其二次离子相对强度的线性方程,对不同组构类型的沉积磷灰石进行的SIMS微区显微分析表明:针柱状结晶良好的微细磷灰石含碘很低,碘主要富集于生物成因的超微莓球磷灰石中。碘在磷块岩中分布不均匀性是受其超微组构制约的,SIMS微区分析深入地揭示了富碘磷块岩中碘的赋存特征。该法也可应用于生物骨骼、化石等磷酸盐样品中卤素的研究。