Recent Progress of Proteomics-driven Precision Medicine
- Journal of Instrumental Analysis Vol. 41, Issue 4, Pages: 443-453(2022)
- 作者机构：
1.复旦大学 生物医学研究院，上海 200032
2.复旦大学，国家卫健委糖复合物重点实验室，上海 200032
- 作者简介：
ZHANG Ying，Research interest：Mass spectrometry and proteomics，E－mail：ying@fudan.edu.cn
- 基金信息：
DOI：10.19969/j.fxcsxb.22010604
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张磊,王晓宇,张莹等.蛋白质组驱动的精准医学研究进展[J].分析测试学报,2022,41(04):443-453.
ZHANG Lei,WANG Xiao-yu,ZHANG Ying,et al.Recent Progress of Proteomics-driven Precision Medicine[J].Journal of Instrumental Analysis,2022,41(04):443-453.
张磊,王晓宇,张莹等.蛋白质组驱动的精准医学研究进展[J].分析测试学报,2022,41(04):443-453. DOI： 10.19969/j.fxcsxb.22010604.
ZHANG Lei,WANG Xiao-yu,ZHANG Ying,et al.Recent Progress of Proteomics-driven Precision Medicine[J].Journal of Instrumental Analysis,2022,41(04):443-453. DOI： 10.19969/j.fxcsxb.22010604.
摘要
蛋白质是细胞的重要组成成分，参与人体各种代谢及生理功能的调控。 蛋白质组学可以分析蛋白质表达水平、修饰状态和细胞内蛋白质相互作用，为研究这些分子在疾病发生和发展的不同阶段的变化提供了全局视角。近年来，临床蛋白质组学已被证实在疾病的早期诊断、预后和病情发展监测中发挥重要作用，并由此提出了蛋白质组学驱动的精准医学的概念。该文综述了蛋白质组学驱动的精准医学（PDPM）及其在重大疾病研究中的应用进展。
Abstract
Proteins involve in virtually all cell functions and participate in a variety of metabolic and physiological processes．Proteomics，which systematically analyzes the protein expression levels，modification states of proteins，and intracellular protein-protein interactions，provides a global perspective on how these molecules changes at different stages of disease occurrence and development．Recently，clinical proteomics has been proven to play a significant role in early diagnosis，prognosis，and monitoring of disease development．The concept of proteomics-driven precision medicine has been proposed thereby．In this review，the progress of proteomics-driven precision medicine（PDPM） and its application in the studies of major diseases are summarized.
关键词
蛋白质组学质谱生物标志物蛋白质组学驱动的精准医学 （PDPM）
Keywords
proteomicsmass spectrometrybiomarkerproteomics-driven precision medicine（PDPM）
references
Lander E S，Linton L M，Birren B，et al．Nature，2001，409（6822）：860－921.
Pandey A，Mann M．Nature，2000，405（6788）：837－846.
Muller J B，Geyer P E，Colaco A R，Treit P V，Strauss M T，Oroshi M，Doll S，Virreira Winter S，Bader J M，Kohler N，Theis F，Santos A，Mann M．Nature，2020，582（7813）：592－596.
Jiang L，Wang M，Lin S，Jian R，Li X，Chan J，Dong G，Fang H，Robinson A E，Consortium G T，Snyder M P．Cell，2020，183（1）：269－283.
Zhang Y，Fang C Y，Bao H M，Yuan W J，Lu H J．Chin. J. Chem.，2021，39（3）：550－558.
Zhang Y，Zhang C，Jiang H C，Yang P Y，Lu H J．Chem. Soc. Rev.，2015，44（22）：8260－8287.
Liu Y S，Buil A，Collins B C，Gillet L C J，Blum L C，Cheng L Y，Vitek O，Mouritsen J，Lachance G，Spector T D，Dermitzakis E T，Aebersold R．Mol. Syst. Biol.，2015，11（2）：786.
Tomiyama E，Matsuzaki K，Fujita K，Shiromizu T，Narumi R，Jingushi K，Koh Y，Matsushita M，Nakano K，Hayashi Y，Wang C，Ishizuya Y，Kato T，Hatano K，Kawashima A，Ujike T，Uemura M，Takao T，Adachi J，Tomonaga T，Nonomura N． Cancer Sci.，2021，112（5）：2033－2045.
Jiang Y，Sun A，Zhao Y，et al．Nature，2019，567（7747）：257－261.
Geyer P E，Holdt L M，Teupser D，Mann M．Mol. Syst. Biol.，2017，13（9）：942.
Vasaikar S V，Straub P，Wang J，Zhang B．Nucleic Acids Res.，2018，46（D1）：D956－D963.
Vasaikar S，Huang C，Wang X，et al．Cell，2019，177（4）：1035－1049.
Krug K，Jaehnig E J，Satpathy S，et al．Cell，2020，183（5）：1436－1456.
Gillette M A，Satpathy S，Cao S，et al．Cell，2020，182（1）：200－225.
Hu Y W，Pan J B，Shah P，et al．Cell Rep.，2020，33（3）：108276.
Huang C，Chen L J，Savage S R，et al．Cancer Cell，2021，39（3）：361－379.
Fu Q，Murray C I，Karpov O A，van Eyk J E．Mass Spectrom. Rev.，2021：10.1002/mas.21750.
Bader J M，Geyer P E，Muller J B，et al．Mol. Syst. Biol.，2020，16（6）：9356.
Eckert M A，Coscia F，Chryplewicz A，et al．Nature，2019，569（7758）：1－6.
Schoof E M，Furtwangler B，Uresin N，et al．Nat. Commun.，2021，12（1）：3341.
Shimura T，Dayde D，Wang H，Okuda Y，Iwasaki H，Ebi M，Kitagawa M，Yamada T，Yamada T，Hanash S M，Taguchi A，Kataoka H．Br. J. Cancer，2020，123（11）：1656－1664.
Guldbrandsen A，Lereim R R，Jacobsen M，Garberg H，Kroksveen A C，Barsnes H，Berven F S．Clin. Proteom.，2020，17（1）：33.
Rozanova S，Barkovits K，Nikolov M，Schmidt C，Urlaub H，Marcus K．Methods Mol. Biol.，2021，2228： 85-116.
Gao Q，Zhu H W，Dong L Q，et al．Cell，2019，179（2）：561－577.
Chen Y J，Roumeliotis T I，Chang Y H，et al．Cell，2020，182（1）：226－244.
Shi Y，Gao W，Lytle N K，et al．Nature，2019，569（7754）：131－135.
Sinitcyn P，Tiwary S，Rudolph J，Gutenbrunner P，Wichmann C，Yilmaz S，Hamzeiy H，Salinas F，Cox J．Nat. Methods，2018，15（6）：401.
Ge S，Xia X，Ding C，et al．Nat. Commun.，2018，9（1）：1012.
Demichev V，Messner C B，Vernardis S I，Lilley K S，Ralser M．Nat. Methods，2020，17（1）：41－44.
Tran N H，Qiao R，Xin L，Chen X，Liu C Y，Zhang X L L，Shan B Z，Ghodsi A，Li M．Nat. Methods，2019，16（1）：63－66.
Yang Y，Liu X H，Shen C P，Lin Y，Yang P Y，Qiao L．Nat. Commun.，2020，11（1）：146.
Tian W，Zhang N，Jin R H，Feng Y M，Wang S Y，Gao S X，Gao R Q，Wu G Z，Tian D，Tan W J，Chen Y，Gao G F，Wong C C L．Nat. Commun.，2020，11（1）：5859.
Meier－Abt F，Lu J，Cannizzaro E，et al．Blood，2021，138（24）：2514－2525.
Virreira Winter S，Karayel O，Strauss M T，Padmanabhan S，Surface M，Merchant K，Alcalay R N，Mann M． EMBO Mol. Med.，2021，13（3）：e13257.
Li C，Sun Y D，Yu G Y，et al．Cancer Cell，2020，38（5）：734－747.
Kontostathi G，Makridakis M，Zoidakis J，Vlahou A．Expert. Rev. Mol. Diagn.，2019，19（6）：499－515.
Kulyyassov A，Fresnais M，Longuespee R．Proteomics，2021，21（23/24）：e2100153.
Kusebauch U，Campbell D S，Deutsch E W，et al．Cell，2016，166（3）：766－778.
Shen B，Yi X，Sun Y，et al．Cell，2020，182（1）：59－72.
Johnson E C B，Dammer E B，Duong D M，et al．Nat. Med.，2020，26（5）：769－780.
Nakayasu E S，Gritsenko M，Piehowski P D，et al．Nat. Protoc.，2021，16（8）：3737－3760.
Zhang Q B，Fillmore T L，Schepmoes A A，Clauss T R W，Gritsenko M A，Mueller P W，Rewers M，Atkinson M A，Smith R D，Metz T O．J. Exp. Med.，2013，210（1）：191－203.
Urisman A，Levin R S，Gordan J D，Webber J T，Hernandez H，Ishihama Y，Shokat K M，Burlingame A L．Mol. Cell Proteomics，2017，16（2）：265－277.
Dupuis N，Muller S，Treiber T，Escher C．J. Clin. Oncol.，2019，DOI：10.1200/JCO.2019.37.8_suppl.110http://dx.doi.org/10.1200/JCO.2019.37.8_suppl.110.
Gallien S，Kim S Y，Domon B．Mol. Cell Proteomics，2015，14（6）：1630－1644.
Zhu H，Ficarro S B，Alexander W M，Fleming L E，Adelmant G，Zhang T，Willetts M，Decker J，Brehmer S，Krause M，East M P，Gray N S，Johnson G L，Kruppa G，Marto J A．Anal. Chem.，2021，93（41）：13791－13799.
Pang Z Q，Chong J，Zhou G Y，Morais D A D，Chang L，Barrette M，Gauthier C，Jacques P E，Li S Z，Xia J G．Nucleic Acids Res.，2021，49（W1）：W388－W396.
Johnson W E，Li C，Rabinovic A．Biostatistics，2007，8（1）：118－127.
Cuklina J，Lee C H，Williams E G，Sajic T，Collins B C，Martinez M R，Sharma V S，Wendt F，Goetze S，Keele G R，Wollscheid B，Aebersold R，Pedrioli P G A．Mol. Syst. Biol.，2021，17（8）：10240.
Zhu T S，Sun R，Zhang F F，Chen G B，Yi X，Ruan G，Yuan C H，Zhou S G，Guo T N．J. Proteome Res.，2021，20（1）：1079－1086.
Bruderer R，Muntel J，Muller S，Bernhard O M，Gandhi T，Cominetti O，Macron C，Carayol J，Rinner O，Astrup A，Saris W H M，Hager J，Valsesia A，Dayon L，Reiter L．Mol. Cell Proteomics，2019，18（6）：1242－1254.
Cohen J D，Li L，Wang Y X，et al．Science，2018，359（6378）：926－930.
Xie J J，Zhang L，Chen Z W，Hu A Q，Liu S S，Lu D B，Xia Y，Qian J Y，Yang P Y，Shen H L．Anal. Chim. Acta，2020，1119：25－34.
Sun Z Y， Liu X L，Wu D X，Gao H N，Jiang J，Yang Y，Wu J，Gao Q K，Wang J，Jiang Z Y，Xu Y P，Xu X，Li L J．Theranostics，2019，9（4）：1200－1214.
Xie J，Zhang L，Chen Z，Hu A，Liu S，Lu D，Xia Y，Qian J，Yang P，Shen H．Anal. Chim. Acta，2020，1119：25－34.
Cao L，Huang C，Zhou C D，et al．Cell，2021，184（19）：5031－5052.
Sinha A，Huang V，Livingstone J，et al．Cancer Cell，2019，35（3）：414－427.
Mun D G，Bhin J，Kim S，et al．Cancer Cell，2019，35（1）：111－124.
Coscia F，Lengyel E，Duraiswamy J，et al．Cell，2018，（1）：159－170.
Wozniak J M，Mills R H，Olson J，et al．Cell，2020，182（5）：1311－1327.
Petralia F，Tignor N，Reva B，et al．Cell，2020，183（7）：1962－1985.
Wang L B，Karpova A，Gritsenko M A，et al．Cancer Cell，2021，39（4）：509－528.
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