La secuenciación transcriptómica unicelular (scRNA-seq) proporciona una resolución sin precedentes para describir la heterogeneidad celular, sin embargo, los métodos tradicionales de scRNA-seq presentan limitaciones como alta pérdida de células, contaminación por células dobles (Doublets) y altos costos. Para resolver estas limitaciones, este artículo desarrolla el método Well-Multi-seq. Este método combina chips de microagujeros anidados que emplean exclusión por tamaño y captura de fluidos cuasiestáticos con una estrategia de etiquetado basada en oligonucleótidos modificados con colesterol, logrando una alta eficiencia de captura celular, baja contaminación y bajo costo en la secuenciación transcriptómica unicelular mixta de múltiples muestras. Mediante el uso de chips microperforados anidados, se superan las limitaciones de la distribución de Poisson, logrando hasta un 94% de ocupación de microesferas, 79% de ocupación celular y 87% de eficiencia de captura celular, mejorando significativamente el aprovechamiento de células y microcavidades. Aprovechando la característica de las moléculas de colesterol para insertarse de forma estable en la membrana celular, las cadenas de oligonucleótidos codificadas por muestra se anclan en la superficie celular, permitiendo la secuenciación mixta de múltiples muestras en un solo tubo. Esta estrategia no solo reduce en gran medida el coste de los reactivos y simplifica el proceso experimental, sino que también permite identificar y eliminar la contaminación por células dobles en la biblioteca. En la secuenciación mixta de líneas celulares humanas y de ratón, la precisión del etiquetado de muestras alcanzó un 97.1% (humano) y un 98.9% (ratón), demostrando su excelente especificidad de marcado. Gracias a las múltiples ventajas de Well-Multi-seq, este método tiene un valor potencial de aplicación en tipos celulares raros como células tumorales circulantes, muestras de biopsias con microagujas y en el análisis de procesos dinámicos como la selección de fármacos y el desarrollo embrionario, convirtiéndose en una herramienta poderosa para la investigación básica y el diagnóstico clínico.

Secuenciación unicelular;Microchips microfluídicos;Marcaje múltiple de muestras;Etiquetas modificadas con colesterol