La secuenciación de transcriptomas unicelulares (scRNA-seq) proporciona una resolución sin precedentes para describir la heterogeneidad celular; sin embargo, los métodos tradicionales de scRNA-seq presentan alta pérdida celular, contaminación por células dobles (Doublets) y costos elevados. Para superar estas limitaciones, este trabajo desarrolló el método Well-Multi-seq. Al combinar un chip microperforado anidado con exclusión por tamaño y captura de fluido cuasi-estático, junto con una estrategia de etiquetado con oligonucleótidos modificados con colesterol, se logró una alta eficiencia de captura celular, baja contaminación y bajo costo para la secuenciación de transcriptomas unicelulares mezclados de múltiples muestras. Utilizando el chip microperforado anidado, se superó la limitación de la distribución de Poisson, alcanzando hasta un 94% de ocupación de microesferas, 74% de ocupación celular y 87% de captura celular, mejorando significativamente la utilización de células y microcavidades. Aprovechando la inserción estable de la molécula de colesterol en la membrana celular, las cadenas de oligonucleótidos con códigos de muestra se anclaron en la superficie celular, logrando la secuenciación mezclada de múltiples muestras en un solo tubo. Esta estrategia no solo reduce considerablemente el costo de los reactivos y simplifica el proceso experimental, sino que también permite identificar y eliminar la contaminación por múltiples células en la biblioteca. En la secuenciación mixta de líneas celulares humanas y de ratón, la precisión de etiquetado de muestras con este método fue del 92,60% (humano) y 95,28% (ratón), demostrando su excelente especificidad de marcado. Gracias a las múltiples ventajas de Well-Multi-seq, este método tiene un potencial valor de aplicación en tipos raros de células como células tumorales circulantes, muestras de biopsia con microagujas y en el análisis de procesos dinámicos como el cribado de fármacos y el desarrollo embrionario, mostrando potencial para ser una herramienta poderosa en la investigación básica y el diagnóstico clínico.

Secuenciación unicelular;Chip microfluídico;Marcaje múltiple de muestras;Etiquetas modificadas con colesterol