Гуманизированные моноклональные антитела создаются путем сочленения комплементарных определяющих регионов (CDRs) и благодаря своей безопасности и эффективности широко применяются в разработке терапевтических антител. Получение точных последовательностей лёгких и тяжёлых цепей CDR является ключевым для производства рекомбинантных антител. В данном исследовании на основе интегрированного многоферментного градиентного протеолиза и стратегии масс-спектрометрии снизу вверх выполнено де-ново секвенирование трёх гуманизированных пан-коронавирусных нейтрализующих антител (3D11, C1520, 5A6), с использованием трёх различных алгоритмов сборки (PEAKS AB, Stitch и Fusion) для восстановления последовательностей антител и систематического сравнения их производительности (покрытие сборки и точность). Результаты показали, что при текущих экспериментальных условиях алгоритм Fusion достигает 100% покрытия и точности лёгких и тяжёлых цепей во всех трёх антителах, оставаясь стабильным даже в высоко вариабельных CDR без дополнительных вставок последовательностей. В отличие от него, PEAKS AB и Stitch имели отсутствие фрагментов, вставки или ошибки сборки в некоторых областях. Таким образом, демонстрируемая устойчивость алгоритма Fusion предоставляет надежную основу для анализа последовательностей при рациональном дизайне и разработке пан-коронавирусных нейтрализующих антител.

Масс-спектрометрия снизу вверх;Де-ново секвенирование;Алгоритмы сборки последовательностей;Пан-коронавирус;Нейтрализующие антитела