Гуманизированные моноклональные антитела создаются путем трансплантации комплементарных определяющих регионов (CDR) и широко используются в разработке терапевтических антител благодаря их безопасности и эффективности. Точное получение последовательностей легкой и тяжелой цепей CDR является ключом к производству рекомбинантных антител. В данном исследовании, основанном на интегрированном многоферментном градиентном переваривании и подходе сверху вниз в масс-спектрометрии, было проведено de novo секвенирование трех гуманизированных панкоронавирусных нейтрализующих антител (3D11, C1520, 5A6), которые были реконструированы с помощью трех различных алгоритмов сборки (PEAKS AB, Stitch и Fusion). Производилась систематическая сравнительная оценка производительности этих алгоритмов (покрытие сборки и точность). Результаты показали, что при текущих экспериментальных условиях алгоритм Fusion может обеспечить 100% покрытие и точность как легких, так и тяжелых цепей для всех трех антител, стабильно сохраняя состояние участков CDR с высокой вариабельностью без дополнительных вставок последовательностей. В сравнении с этим, у PEAKS AB и Stitch наблюдались пропуски фрагментов, вставки или ошибки сборки в отдельных областях. Таким образом, устойчивость алгоритма Fusion обеспечивает надежную основу для анализа последовательностей, способствуя рациональному дизайну и разработке панкоронавирусных нейтрализующих антител.

Верхний слой масс-спектрометрии; de novo секвенирование; алгоритмы сборки последовательностей; панкоронавирус; нейтрализующие антитела