Anticorpos monoclonais humanizados são construídos por meio do enxerto das regiões determinantes complementares (CDRs) e, devido à sua segurança e eficácia, são amplamente utilizados no desenvolvimento de anticorpos terapêuticos. Obter sequências precisas das cadeias leve e pesada dos CDRs é fundamental para a produção de anticorpos recombinantes. Este estudo, baseado em um método integrado de digestão enzimática em gradiente multi-enzimas e em uma estratégia de espectrometria de massas bottom-up, realizou o sequenciamento de novo de três anticorpos humanizados neutralizantes pan-coronavírus (3D11, C1520, 5A6), reconstruindo as sequências dos anticorpos utilizando três diferentes algoritmos de montagem (PEAKS AB, Stitch e Fusion) e comparando sistematicamente o desempenho desses algoritmos (cobertura e precisão da montagem). Os resultados mostraram que, nas condições experimentais atuais, o algoritmo Fusion pode alcançar 100% de cobertura e precisão das cadeias leve e pesada para os três anticorpos, mantendo-se estável nas regiões altamente variantes do CDR sem inserções adicionais de sequências. Em contraste, PEAKS AB e Stitch apresentam lacunas, inserções ou montagem incorreta em algumas regiões. Em resumo, a robustez demonstrada pelo algoritmo Fusion fornece uma base confiável para a análise de sequências, proporcionando suporte para o desenho e desenvolvimento racional de anticorpos neutralizantes pan-coronavírus.

Espectrometria de massas bottom-up; sequenciamento de novo; algoritmos de montagem de sequências; pan-coronavírus; anticorpos neutralizantes