특징 펩타이드 검출을 기반으로 한 트립신 소화/고성능 액체 크로마토그래피-사중극자-비행시간 질량분석법을 이용하여 새우 제품 내 알레르기 유발 단백질을 검출하는 방법을 구축하였다. 단백질 변성 추출 시 6 mol/L 구아니딘 염산염 700 μL와 50 mmol/L 트리스-염산 버퍼(Tris-HCl) 700 μL를 각각 사용하였다. 소화 시간과 특징 펩타이드를 최적화하여 50 mmol/L 디티오트레이톨과 100 mmol/L 아이오도아세트아미드를 사용해 이황화 결합을 파괴 및 억제한 후, 100 μL 500 mmol/L 중탄산나트륨 약알칼리 환경에서 10 mg/mL 트립신으로 소화하였다. 이동상으로 아세토니트릴과 0.1% 포름산 수용액을 사용하였고, Caprisil C₁₈-X (100 mm×2.1 mm, 1.8 μm) 컬럼으로 분리하였다. 전기분무 이중 AJS ESI 이온원 양이온 모드에서 이온화하였으며, 사중극자-비행시간 질량분석기로 Auto MS/MS를 통한 이온 반복 배제법으로 순환 샘플링을 수행하였다. 펩타이드 피크 상황에 따라 IQLLEEDLER를 원근육섬유 단백질의 특징 펩타이드로 선택하고 외부 표준법으로 정량하였다. 결과는 선택된 특징 펩타이드가 선형 범위 내에서 좋은 직선성을 보였으며 상관계수(r²)는 0.9920, 검출 한계는 0.68 μg/L, 정량 한계는 2.28 μg/L였고, 2 및 10 mg/kg 첨가 수준에서 시료 회수율은 84.5%~101%였다. 이 방법은 전처리가 간단하며 감도가 높고 재현성이 우수하며 정성 정량이 정확하여 새우 알레르겐 검사 및 식별에 기술적 지원을 제공할 수 있고, 단백질 특징 펩타이드 기반 동물성 성분 식별 방법 참고자료로 활용 가능하다.

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