코코넛 주스 음료 내 90종 농약 및 그 대사산물을 액체크로마토그래피-질량분석법(LC-MS/MS)으로 분석하는 방법을 확립하였다. 코코넛 주스 샘플은 1% (부피비) 개미산이 함유된 아세토니트릴로 추출되었으며, N-프로필 에틸렌디아민(PSA), 지방 및 단백질 흡착제(LPAS), 플로리실(Florisil), 아미노화 다중벽 탄소나노튜브(NH2-MWCNTs) 정제 재료를 이용한 개선된 QuEChERS 전처리법으로 시료 추출액을 정제하였다. 다중반응감시(MRM) 모드로 분석하였으며, 매트릭스 매칭 외부 표준곡선을 이용해 정량하였다. 결과는 90종 농약 및 대사산물이 0.002~0.2 mg/L 범위에서 우수한 직선성을 보였으며, 상관계수(r2)는 모두 0.99 이상이었고, 정량한계(LOQ)는 0.01 mg/kg, 저, 중, 고 농도 첨가 수준에서 평균 회수율은 60.6%~118%, 상대 표준편차(RSD)는 0.60%~12% (n=6) 이었다. 본 방법은 정제 효과가 우수하고 조작이 간편하며 코코넛 주스 음료 내 다양한 농약 잔류물 검출에 적합하다.