액체 크로마토그래피-탠덤 질량분석법을 이용하여 특수식품 내 아스파라긴 및 글루타민을 측정하는 방법을 확립하였다. 시료는 직접 추출 또는 효소 가수분해 추출 후 내부 표준물을 첨가하고 polar C18 컬럼(150 mm×4.6 mm, 2.6 μm)으로 분리하였으며, 이동상은 아세토니트릴과 0.02% 개미산 용액을 사용하여 그래디언트 용출을 실시하였다. 전기 분무 양이온 스캔 모드에서 정성 및 정량 검출을 수행하였다. 결과는 아스파라긴 및 글루타민의 선형성이 우수하며 상관계수가 0.999 이상이고, 선형 범위는 0~1000 ng/mL임을 나타냈다. 액상 및 고형 시료의 검출한계는 각각 0.8 mg/100g 및 4.0 mg/100g이며, 정량한계는 각각 2.4 mg/100g 및 12 mg/100g이다. 방법 회수율은 83.5%~104%, 상대 표준 편차는 0.28%~4.2%(n=6) 범위였다. 이 방법은 간단하고 정확하며 실용성이 뛰어나 특수식품 내 아스파라긴 및 글루타민의 정밀 정량이 가능하다.