ヒト化モノクローナル抗体は相補性決定領域（CDRs）の移植によって構築され、その安全性と有効性から治療用抗体の開発に広く用いられています。軽鎖および重鎖のCDR配列を正確に取得することは、組換え抗体製造の鍵となります。本研究では、統合型多酵素勾配酵素分解法とボトムアップ質量分析戦略に基づき、3種のヒト化パンコロナウイルス中和抗体（3D11、C1520、5A6）のde novoシーケンシングを行い、3種類の異なるアセンブリアルゴリズム（PEAKS AB、Stitch、Fusion）を用いて抗体配列を再構築し、これら3つのアルゴリズムの性能（アセンブリカバレッジと精度）を体系的に比較しました。結果は、現行の実験条件下でFusionアルゴリズムが3種全ての抗体において軽鎖および重鎖のカバレッジと精度を100％達成し、CDR高変異領域でも安定しており、追加の配列挿入がありませんでした。対照的に、PEAKS ABおよびStitchは一部領域で断片の欠落、挿入、または誤ったアセンブリが認められました。まとめると、Fusionアルゴリズムの示した堅牢性はパンコロナウイルス中和抗体の合理的設計と開発に信頼できる配列解析基盤を提供します。

ボトムアップ質量分析法;de novoシーケンシング;配列アセンブリアルゴリズム;パンコロナウイルス;中和抗体