ヒト化モノクローナル抗体は相補性決定領域（CDRs）の移植によって構築され、その安全性と有効性から治療用抗体開発に広く利用されている。軽鎖および重鎖のCDR配列を正確に取得することは、組換え抗体製造の鍵である。本研究は統合型多酵素グラデーション消化法およびボトムアップ質量分析戦略に基づき、3種類のヒト化汎コロナウイルス中和抗体（3D11、C1520、5A6）に対してデノボ配列決定を実施し、3つの異なるアセンブリアルゴリズム（PEAKS AB、Stitch、Fusion）を用いて抗体配列を再構築し、これら3つのアルゴリズムの性能（アセンブリカバレッジおよび精度）を体系的に比較した。結果は、現行の実験条件下において、Fusionアルゴリズムが3種の抗体において軽鎖および重鎖のカバレッジと精度100%を達成し、CDR高変異領域においても安定かつ追加の配列挿入がないことを示した。対照的に、PEAKS ABおよびStitchは一部領域で断片欠損、挿入または誤ったアセンブリが認められた。総じて、Fusionアルゴリズムが示す堅牢性は、汎コロナウイルス中和抗体の合理的設計および開発のための信頼性の高い配列解析基盤を提供する。

ボトムアップ質量分析法;デノボ配列決定;配列アセンブリアルゴリズム;汎コロナウイルス;中和抗体