マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間質量分析法（MALDI-TOF MS）を用いたオリゴヌクレオチドのナトリウム塩分布解析法を確立した。一本鎖オリゴヌクレオチドプライマー試料（長さ20 bp、理論分子量6,071.02 Da）を純水に溶解後、液体クロマトグラフィー-質量分析（HPLC-MS）およびMALDI-TOF MSで検査した。試料液は酢酸ナトリウム添加、アルコール沈殿、再溶解後、再度HPLC-MSおよびMALDI-TOF MSで正イオンモードにて検査した。ナトリウム添加前後で、HPLC-MSはデコンボリューション後も未添加塩の単一成分（分子量6,069.9 Daおよび6,069.8 Da）を示した。MALDI-TOF MSは添加前試料で単一成分（分子量6,071.09 Da）を示したが、添加後試料で異なるナトリウム添加数分子の成分分布を示した。各成分は未添加ナトリウム分子（約6,071 Da）から始まり、量は上昇後に減少する傾向を示し、ナトリウム添加数は0~4から0~19と異なり、分布は添加条件によって変化した。この結果は、MALDI-TOF MSがオリゴヌクレオチドのナトリウム塩成分分布を検出できること、かつ異なる塩添加度のオリゴヌクレオチド分子に対して広い適応性と高い感度を持つことを示している。アンチセンスオリゴヌクレオチド医薬品フォミビルセンナトリウムを試料として用い、純品およびポリエチレングリコールやツイーン等の賦形剤を含む動物注射液モデルをMALDI-TOF MSで検査した。結果は、フォミビルセンナトリウムの主なナトリウム添加形態が0から3個の添加であり、全体の含有量は減少傾向にあり、マトリックス添加前後で変化がなかった。また、フォミビルセンの成分誤差は±0.5 Daの範囲内であり、精度はマトリックスの影響を受けなかった。さらに、マトリックス中の他の複数成分（ポリエチレングリコール300およびツイーン-80を含む）も質量スペクトル上で独立して示され、フォミビルセン成分に干渉しなかった。本手法は簡便かつ迅速で感度が高く、一連のオリゴヌクレオチドナトリウム塩分布の定性同定に適し、実薬検査時に薬物マトリックスの影響を受けず、アンチセンスオリゴヌクレオチド（ASO）医薬品の開発および検査に重要な意義を持つ。

MALDI-TOF MS;オリゴヌクレオチド;オリゴヌクレオチドナトリウム塩分布;定性分析