Le séquençage transcriptomique unicellulaire (scRNA-seq) offre une résolution sans précédent pour décrire l'hétérogénéité cellulaire, cependant les méthodes traditionnelles de scRNA-seq présentent des limites telles qu'un taux élevé de perte cellulaire, une contamination par des cellules doubles (Doublets) et des coûts élevés. Pour surmonter ces limites, cet article développe la méthode Well-Multi-seq. Cette méthode combine des puces micro-perforées emboîtées basées sur l'exclusion de taille et la capture quasi-statique de fluides, ainsi qu'une stratégie de marquage par oligonucléotides modifiés au cholestérol, permettant un haut rendement de capture cellulaire, une faible contamination et un faible coût pour le séquençage transcriptomique unicellulaire multi-échantillons mixte. Grâce aux puces micro-perforées emboîtées, les limites de la distribution de Poisson sont surpassées, avec un taux d'occupation des microbilles allant jusqu'à 94 %, un taux d'occupation cellulaire de 79 % et un taux de capture cellulaire de 87 %, améliorant significativement l'utilisation des cellules et des microcavités. Utilisant la propriété des molécules de cholestérol à s'insérer stabillement dans la membrane cellulaire, les chaînes d'oligonucléotides portant les codes échantillons sont ancrées à la surface cellulaire, réalisant un séquençage mixte multi-échantillons dans un seul tube. Cette stratégie réduit non seulement considérablement le coût des réactifs et simplifie les protocoles expérimentaux, mais offre également la capacité d'identifier et d'éliminer la contamination par des cellules doubles dans la librairie. Dans le séquençage mixte de lignées cellulaires humaines et murines, la précision du marquage des échantillons atteint respectivement 97,1 % (humain) et 98,9 % (souris), prouvant une excellente spécificité de marquage. Grâce aux multiples avantages de Well-Multi-seq, cette méthode possède une valeur appliquée potentielle pour les types cellulaires rares comme les cellules tumorales circulantes, les échantillons de biopsie à micro-aiguilles, ainsi que pour l'analyse des processus dynamiques tels que le criblage médicamenteux et le développement embryonnaire, devenant un outil puissant pour la recherche fondamentale et le diagnostic clinique.

Séquençage unicellulaire;Puces microfluidiques;Marquage multiplex des échantillons;Marqueurs modifiés au cholestérol