Le séquençage transcriptomique unicellulaire (scRNA-seq) offre une résolution sans précédent pour décrire l'hétérogénéité cellulaire. Cependant, les méthodes traditionnelles de scRNA-seq présentent des taux élevés de perte cellulaire, une contamination par des doubles cellules (Doublets) et des coûts élevés. Pour surmonter ces limitations, cet article développe la méthode Well-Multi-seq. En combinant une puce micro-nichée avec une exclusion dimensionnelle et une capture fluide quasi-statique, ainsi qu'une stratégie de marquage par oligonucléotides modifiés au cholestérol, une efficacité élevée de capture cellulaire, une faible contamination et un coût réduit ont été obtenus pour le séquençage transcriptomique unicellulaire mixte multi-échantillons. Grâce à la puce micro-nichée, cette étude a surmonté la contrainte de la distribution de Poisson, atteignant jusqu'à 94% d'occupation des microsphères, 74% d'occupation cellulaire et 87% de capture cellulaire, améliorant significativement l'utilisation des cellules et des microcavités. Utilisant la propriété d'insertion stable de la molécule de cholestérol dans la membrane cellulaire, les chaînes d'oligonucléotides codées par échantillon ont été ancrées à la surface cellulaire, permettant un séquençage mixte multi-échantillons en un seul tube. Cette stratégie réduit considérablement le coût des réactifs et simplifie le processus expérimental, tout en permettant d'identifier et d'éliminer la contamination par des cellules multiples dans la bibliothèque. Dans un séquençage mixte de lignées cellulaires humaines et murines, la précision du marquage des échantillons avec cette méthode a atteint 92,60% (humain) et 95,28% (souris), démontrant une excellente spécificité de marquage. Grâce aux multiples avantages de Well-Multi-seq, cette méthode a une valeur potentielle pour l'analyse de types cellulaires rares, tels que les cellules tumorales circulantes, les échantillons de biopsie à microaiguille, ainsi que pour l'étude des processus dynamiques comme le criblage médicamenteux et le développement embryonnaire, et pourrait devenir un outil puissant pour la recherche fondamentale et le diagnostic clinique.

Séquençage unicellulaire;Puces microfluidiques;Marquage multi-échantillons;Marques modifiées au cholestérol