Les anticorps monoclonaux humanisés sont construits par greffe des régions déterminantes complémentaires (CDR), et en raison de leur sécurité et efficacité, ils sont largement utilisés dans le développement d’anticorps thérapeutiques. L’obtention précise des séquences CDR des chaînes légères et lourdes est essentielle pour la production d’anticorps recombinants. Cette étude, basée sur une méthode intégrée de digestion enzymatique en gradient multi-enzymes et sur une stratégie de spectrométrie de masse ascendante, a réalisé le séquençage de novo de trois anticorps neutralisants pan-coronavirus humanisés (3D11, C1520, 5A6), reconstruisant les séquences des anticorps à l’aide de trois algorithmes d’assemblage différents (PEAKS AB, Stitch et Fusion) et comparant systématiquement leurs performances (couverture et précision de l’assemblage). Les résultats montrent que, dans les conditions expérimentales actuelles, l’algorithme Fusion peut atteindre une couverture et une précision de 100 % sur les chaînes légères et lourdes pour les trois anticorps, avec une stabilité dans les régions hypervariables des CDR sans insertion supplémentaire de séquences. En revanche, PEAKS AB et Stitch présentent des manques, des insertions ou des assemblages erronés dans certaines régions. En conclusion, la robustesse démontrée par l’algorithme Fusion fournit une base fiable pour l’analyse des séquences, appuyant la conception et le développement rationnel des anticorps neutralisants pan-coronavirus.

Spectrométrie de masse ascendante; séquençage de novo; algorithmes d’assemblage de séquences; pan-coronavirus; anticorps neutralisants