Humanisierte monoklonale Antikörper werden durch das Grafting der komplementären Bestimmungsregionen (CDRs) konstruiert und aufgrund ihrer Sicherheit und Wirksamkeit weit verbreitet in der Entwicklung therapeutischer Antikörper eingesetzt. Die genaue Gewinnung der leichten und schweren Ketten der CDR-Sequenzen ist der Schlüssel zur Produktion rekombinanter Antikörper. Diese Studie basiert auf einer integrierten multi-enzymatischen Gradientenverdauungsmethode und einer Bottom-up-Massenspektrometriestrategie, mit der die De-novo-Sequenzierung von drei humanisierten pan-coronavirus-neutralisierenden Antikörpern (3D11, C1520, 5A6) durchgeführt wurde. Die Rekonstruktion der Antikörpersequenzen erfolgte unter Verwendung von drei verschiedenen Assemblierungsalgorithmen (PEAKS AB, Stitch und Fusion), deren Leistung (Assemblierungsabdeckung und Genauigkeit) systematisch verglichen wurde. Die Ergebnisse zeigten, dass unter den aktuellen experimentellen Bedingungen der Fusion-Algorithmus bei allen drei Antikörpern eine 100%ige Abdeckung und Genauigkeit der leichten und schweren Ketten erreichen kann, wobei er in den hochvariablen CDR-Regionen stabil bleibt und keine zusätzlichen Sequenzeinfügungen aufweist. Im Vergleich dazu zeigen PEAKS AB und Stitch in einigen Bereichen Fragmentverluste, Einfügungen oder fehlerhafte Assemblierungen. Insgesamt zeigt die Robustheit des Fusion-Algorithmus eine verlässliche Basis für die Sequenzanalyse, die ein rationales Design und die Entwicklung pan-coronavirus-neutralisierender Antikörper unterstützt.

Bottom-up-Massenspektrometrie; De-novo-Sequenzierung; Assemblierungsalgorithmen; Pan-Coronavirus; neutralisierende Antikörper