Proteinphosphorylierung und Glykosylierung sind zwei Hauptarten der posttranslationalen Proteinmodifikation. Phosphorylierte und glykosylierte Proteine spielen eine Schlüsselrolle im gesamten Zelllebenszyklus und sind auch für die Frühdiagnose klinischer Erkrankungen von großer Bedeutung. Aufgrund ihres niedrigen Gehalts in realen biologischen Proben und hoher Matrixinterferenzen ist die Wahl einer geeigneten Methode zur Trennung und Anreicherung ein entscheidender Schritt in der Proteomforschung. Die magnetische Festphasenextraktion (MSPE) ist eine Festphasenextraktionstechnik, die magnetische Nanopartikel als Adsorbentien verwendet. Im Vergleich zur herkömmlichen Festphasenextraktion (SPE) bietet sie Vorteile wie einfache Handhabung, Umweltfreundlichkeit und einfache Wiederverwendbarkeit der Materialien, weshalb sie weit verbreitet zur Trennung und Anreicherung von phosphorylierten und glykosylierten Proteinen/Peptiden vor der Analyse eingesetzt wird. Dieser Artikel fasst die in den letzten fünf Jahren verwendeten MSPE-Materialien zur Trennung und Anreicherung phosphorylierter und glykosylierter Proteine systematisch zusammen und gibt einen Ausblick auf zukünftige Entwicklungsperspektiven dieser Materialien.